Cancro del pancreas: predittività e meta genomica

In relazione al cancro del pancreas, i ricercatori hanno voluto identificare le firme metagenomiche intestinali e orali che possono predire accuratamente il carcinoma duttale pancreatico (PDAC) e convalidare queste firme in coorti indipendenti.

Sullo studio multinazionale condotto è stata eseguita l’analisi metagenomica shotgun di campioni fecali e salivari raccolti da pazienti con PDAC naïve, sia al trattamento che ai controlli non-PDAC, in Giappone, Spagna e Germania. Sono stati quindi caratterizzati i profili tassonomici e funzionali dei microbiomi, e sono stati costruiti e validati dei classificatori metagenomici per predire la PDAC in set di dati esterni.

La metagenomica comparativa ha rivelato la disbiosi dei microbiomi intestinali e orali e ha identificato 30 specie intestinali e 18 orali significativamente associate al PDAC nella coorte di studio giapponese. Queste firme microbiche hanno poi raggiunto un’elevata area sotto le curve (AUC) di 0,78-0,82; il modello di predizione basato sul microbioma intestinale ha rivelato un’elevata capacità predittiva nelle coorti spagnola e tedesca, con rispettive AUC di 0,75 e 0,80, convalidando la sua alta fiducia e versatilità per la predizione del PDAC.

Le firme intestinali comuni per PDAC in tutte e tre le coorti sono state: arricchimenti significativi di Streptococcus e Veillonella spp. e un impoverimento di Faecalibacterium prausnitzii. I dati di follow-up prospettico hanno quindi mostrato che i pazienti con alcune specie microbiche intestinali e orali erano a più alto rischio di mortalità legata al PDAC. Infine, sono stati identificati 58 batteriofagi in grado di infettare specie microbiche costantemente arricchite nei pazienti con PDAC nei tre paesi.

In conclusione, la metagenomica che studia i microbiomi intestinali e orali può fornire una potente fonte di biomarcatori per identificare gli individui con PDAC e la loro prognosi. L’identificazione di firme microbiche intestinali condivise per il PDAC in coorti asiatiche ed europee indica la presenza di biomarcatori microbici intestinali robusti e globali.

Fonte: Gastroenterology – DOI: https://doi.org/10.1053/j.gastro.2022.03.054

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