Carcinoma esofageo: firma genica prognostica correlata alla necroptosi

Il carcinoma esofageo è un tumore maligno piuttosto comune e, purtroppo, presenta una prognosi infausta. Ricerche precedenti hanno suggerito che la necroptosi sia coinvolta nell’immunità antitumorale rimuovendo l’oncogenesi e le metastasi del cancro, che a loro volta influenzano la prognosi del tumore. Tuttavia, il ruolo della necroptosi nel carcinoma esofageo non è ancora chiaro e quindi si è voluto mirare a studiare le relazioni tra i geni correlati alla necroptosi (NRG) e il carcinoma esofageo.

I dati clinici e i profili di espressione genica dei pazienti con carcinoma esofageo sono dapprima stati estratti da The Cancer Genome Atlas (TCGA) e 159 geni correlati alla necroptosi sono stati selezionati dal database della Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes (KEGG). Poi, sono stati identificati 52 geni correlati alla necroptosi associati al carcinoma esofageo e sono stati usati per ulteriori analisi. L’ontologia genica (GO) e le analisi di arricchimento funzionale KEGG hanno mostrato che questi geni correlati alla necroptosi erano per lo più associati alla regolazione della necroptosi, dell’influenza A, dell’apoptosi, del recettore NOD-like e della via di segnalazione NF-Kappa B. Successivamente, sono state utilizzate la regressione di Cox univariata e multivariata e l’analisi LASSO per identificare la correlazione tra geni correlati alla necroptosi e la prognosi di carcinoma esofageo.

Gli esperti hanno costruito un modello prognostico di carcinoma esofageo – basato sui geni SLC25A5, PPIA e TNFRSF10B – capace di classificare i pazienti in sottogruppi ad alto e basso rischio in base al punteggio di rischio del paziente. Inoltre, è stata tracciata la curva delle caratteristiche operative del ricevitore (ROC) ed è stato possibile affermare che il modello si comportava moderatamente bene per le previsioni prognostiche. Sono poi stati selezionati set di dati Gene Expression Omnibus (GEO) per convalidare l’applicabilità e il valore prognostico del modello predittivo e, sulla base di diverse variabili cliniche, sono stati confrontati i punteggi di rischio tra i sottogruppi di diverse caratteristiche cliniche. In ultimo, gli esperimenti di convalida immunoistochimica (IHC) hanno esplorato che questi tre geni correlati alla necroptosi erano espressi in modo significativamente maggiore nei tessuti del carcinoma esofageo rispetto ai tessuti adiacenti non tumorali.

In sintesi, lo studio ha permesso di costruire e convalidare una nuova firma genica correlata alla necroptosi contenente tre geni (SLC25A5, PPIA e TNFRSF10B), utile a predire la prognosi nei pazienti con carcinoma esofageo.

Inoltre questi tre geni posso giocare un ruolo cruciale nella progressione e nel microambiente immunitario del carcinoma esofageo.

BMC Gastroenterology – https://doi.org/10.1186/s12876-022-02423-6

https://bmcgastroenterol.biomedcentral.com/articles/10.1186/s12876-022-02423-6

IT-NON-07608-W-09/2024