Coronavirus: varianti Covid, software italiano per identificazione rapida

29.01.2021 | Adnkronos Salute

Facilita analisi genomica di Sars-CoV-2 e sarà accessibile a tutti senza vincoli 

Un software ‘made in Italy’ per facilitare l’analisi genomica del coronavirus Sars-CoV-2 e identificare rapidamente eventuali nuove varianti. Si chiama CorGAT (Coronavirus Genome Analysis Tool) ed è stato messo a punto da un gruppo di ricercatori dell’Istituto di biomembrane, bioenergetica e biotecnologie molecolari del Consiglio nazionale delle ricerche (Cnr-Ibiom) di Bari, dell’università Aldo Moro del capoluogo pugliese e del Dipartimento di bioscienze dell’università Statale di Milano. Lo studio è pubblicato su ‘Bioinformatics’ e lo strumento, utile a capire i possibili effetti delle varianti virali, con possibili implicazioni anche nello sviluppo di farmaci e vaccini, è liberamente accessibile al link: http://corgat.cloud. ba.infn.it/galaxy. 

Durante la pandemia – spiegano gli scienziati – sono state sequenziate e rese disponibili più di 400mila sequenze genomiche appartenenti a differenti ceppi di Sars-CoV2, isolati in diverse regioni del mondo. L’analisi di questa mole di dati ha richiesto lo sviluppo di nuovi strumenti e metodi informatici dedicati. Per contribuire a rispondere a queste esigenze, gli autori dello studio hanno sviluppato CorGAT, dotato di un’interfaccia web che ne facilita l’utilizzo ed è accessibile a tutta la comunità scientifica.

“CorGAT – afferma Graziano Pesole del Cnr-Ibiom – consente di confrontare le sequenze di uno o più virus in pochi secondi ed esegue in maniera rapida e veloce l’annotazione funzionale del genoma di Sars-CoV-2, un processo che è in grado di identificare le principali differenze tra i genomi di diversi ceppi del virus e di predirne le possibili implicazioni funzionali. Lo strumento è stato sviluppato per incorporare la maggiore quantità di informazioni possibili e integra una serie di risorse e sistemi originali per l’annotazione del genoma. Allo stato attuale CorGAT è probabilmente il più aggiornato e accurato sistema per eseguire questo tipo di analisi”.

Applicando CorGAT a più di 50mila sequenze genomiche – si legge in una nota – i ricercatori sono stati in grado di delineare le dinamiche evolutive del nuovo coronavirus e di individuare le regioni del genoma virale che accumulano più mutazioni. 

“La parte più variabile del genoma di Sars-CoV-2 – descrive Pesole – è associata a un elemento di struttura secondaria noto come s2m, che in questo coronavirus sembra avere una struttura meno efficiente e definita rispetto a quella osservata in altri virus dello stesso tipo. Benché le implicazioni funzionali di queste osservazioni non siano completamente chiare, è indubbio che l’applicazione su larga scala di CorGAT e di strumenti simili faciliterà lo studio dei possibili effetti delle nuove varianti nel genoma di Sars-CoV-2, contribuendo indirettamente anche alla progettazione di farmaci e vaccini”.

“La sorveglianza genomica rappresenta una delle prime linee di difesa per il controllo della diffusione dei patogeni umani ed è una risorsa fondamentale per lo sviluppo di terapie e vaccini”, conclude il ricercatore Cnr-Ibiom. Insieme a lui, che ha firmato la ricerca anche per l’università Aldo Moro, hanno partecipato Matteo Chiara, Federico Zambelli, David S. Horner e Marco Antonio Tangaro per Cnr-Ibiom, e Matteo Chiara, Federico Zambelli, David S. Horner e Pietro Mandreoli per il Dipartimento di bioscienze della Statale di Milano. CorGAT viene aggiornato costantemente. È stato realizzato con il supporto della piattaforma cloud https://laniakea-elixir-it.github.io/Laniakea, resa disponibile dalla Compute Platform del nodo italiano dell’Infrastruttura di ricerca europea Elixir per le scienze della vita, coordinata dal Cnr sotto la responsabilità di Pesole.

Fonte: Adnkronos Salute

IT-NON-03842-W-01/2023

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